Jauh sebelum resmi berdiri, ribuan masyarakat Puncak Jaya hidup dalam keterbelakangan dan keterisolasian di pedalaman Papua. Harapan akan perubahan terus disuarakan dari dalam honai, hingga akhirnya jeritan tersebut mendapat respons dari Pemerintah Pusat di Jakarta.

Momen bersejarah itu tiba pada 13 Agustus 1996, dengan diterbitkannya Peraturan Pemerintah No. 52 Tahun 1996 tentang pembentukan Kabupaten Puncak Jaya dan Kabupaten Paniai. Puncak dari kebangkitan ini ditandai dengan peresmian dan pelantikan Drs. Ruben Ambrauw sebagai Bupati pertama oleh Menteri Dalam Negeri M. Yogi S. Memet pada 8 Oktober 1996 di Lapangan Mandala, Jayapura—sebuah tanggal yang kini diperingati setiap tahun sebagai hari jadi Kabupaten Puncak Jaya.

Masa Transisi dan Peletakan Fondasi Pembangunan

Pada tahun kedua, seluruh kegiatan administrasi dan pembangunan telah sepenuhnya dipusatkan di Mulia. Lima suku dinas pertama dibentuk, dan pemekaran desa dilakukan secara masif dari 12 kampung menjadi 147 kampung (yang kini telah berkembang menjadi 302 kampung di 26 distrik).

Tongkat estafet kepemimpinan kemudian beralih kepada Drs. Philipus Andarias Coem pada April 2000. Di bawah kepemimpinannya, sejarah mencatat pembentukan DPRD pertama Kabupaten Puncak Jaya (periode 2000–2004) dan peresmian Kantor Bupati di Pagaleme, Mulia.

Lahirnya "Yabu Eeruwok" dan Pembangunan Infrastruktur

Pemilihan bupati pertama oleh DPRD pada Juli 2001 menetapkan pasangan Drs. Elieser Renmaur dan Lukas Enembe, S.IP, DIP, CL. Pada masa jabatan mereka di tahun 2002, Lambang Daerah Kabupaten Puncak Jaya resmi ditetapkan dengan moto berbahasa Dani/Lani:

"YABU EERUWOK" — Mari bekerja bersama-sama dengan semangat gotong royong membangun Puncak Jaya penuh cinta kasih, tanpa perbedaan suku, agama, dan ras.

Era ini juga ditandai dengan pembangunan Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) Mulia yang diresmikan pada 24 Maret 2004, pembentukan Polres persiapan Puncak Jaya, serta pemekaran Kabupaten Puncak pada tahun 2008 yang menjadi "anak pertama" dari Kabupaten Puncak Jaya.

Estafet Kepemimpinan: Era AMANAH hingga Pemekaran Papua Tengah

Setelah kepemimpinan Drs. Henok Ibo dan Yustus Wonda, S.Sos., M.Si. (2012–2017) yang sukses membangun infrastruktur perkantoran megah, estafet beralih kepada dua putra asli Puncak Jaya, Dr. Yuni Wonda, S.Sos., S.IP., MM. dan Deinas Geley, S.Sos., M.Si. (2017–2022). Pasangan ini mengusung visi AMANAH (Aman, Mandiri, dan Sejahtera) dengan slogan Abelom Eruwok (Bekerja dengan baik).

Kepemimpinan Dr. Yuni Wonda berhasil menorehkan sejarah gemilang di bidang keamanan wilayah, menjadikannya contoh daerah pegunungan yang aman. Selain itu, perjuangan keras membuahkan hasil dengan kembalinya Puncak Jaya ke pangkuan provinsi baru, Papua Tengah, pada tahun 2022.

Menyongsong Masa Depan (2025 - 2030)

Setelah melewati masa transisi kepemimpinan penjabat bupati (Dr. Tumiran dan Yopi Murib, SE, MM) serta dinamika Pilkada serentak, Puncak Jaya kembali menorehkan sejarah baru. Gubernur Papua Tengah melantik Dr. Yuni Wonda, S.Sos., S.IP., MM. dan Mus Kogoya, SE. sebagai Bupati dan Wakil Bupati periode 2025–2030. Sang putra koteka kembali memimpin dengan komitmen tinggi untuk menciptakan generasi masa depan Puncak Jaya yang tangguh.