Ditinjau  dari  keberadaan  sungai,  pola  aliran  sungai  di Kabupaten Puncak Jaya dikelompokkan ke dalam dua bagian yaitu:

• Sungai-sungai mengalir kearah utara dan tergolong dalam sungai besar terdiri dari sungai Rouffear dan sungai Vandalen
• Sungai-sungai  yang  mengalir  keselatan  bermata  air  di pegunungan Puncak Jaya dan Pegunungan Jayawijaya.

Keadaan sungai umumnya bertebing curam, sungai-sungai tersebut antara lain sungai Mapai, sungai Uta, sungai Otakwa dan sungai Lemaru.

Klimatologi

Kawasan Puncak Jaya beriklim Tropis, kecepatan angin berkisar  2.4 – 3.5 knot dengan curah hujan tahunan rata-rata sebesar 3,935 mm pertahun, jumlah hari hujan rata-rata pertahun

206 hari, curah hujan tertinggi pada bulan Januari 456 mm dan curah hujan terendah pada bulan November 203 mm. Suhu udara berkisar antara 17,80 C sampai dengan 230 C, dengan kelembaban udara  tahunan  rata-rata  83,9%.  Kabut  sering  terjadi  pada  pagi dan sore hari sehingga sering mengganggu jadwal penerbangan.

Penyinaran matahari antara 75-85% dengan angka tahunan 78%. Kondisi di atas menunjukkan bahwa iklim di wilayah Kabupaten Puncak Jaya pada umumnya cocok untuk pengembangan sektor pertanian.